Смотрю сейчас расширенный фильтр от 2016 года, я так понимаю это уже вторая версия, так при его использовании в каталоге не отображаются ярлыки, потому что в настройках ТДС задаётся ограничение на наличие товара следующим образом:
$Shop_Controller_Show
->dontResetItems(TRUE)
->shopItems()
->queryBuilder()
->leftJoin('shop_warehouse_items', 'shop_warehouse_items.shop_item_id', '=', 'shop_items.id'

->having('SUM(shop_warehouse_items.count)', '>', 0)
->groupBy('shop_items.id'

;
а остаток по ярлыку всегда равен 0.
Если отключить этот кусок кода, а товар в наличии ограничивать через $Shop_Controller_Show->warehouseMode('in-stock'

, то ярлыки начинают отображаться, но тогда ломается фильтр - он считает параметры фильтра (цены, производители, количество отфильтрованных товаров) по всем товарам, в том числе по которым остаток 0 и которые не отображаются.