Установить индексировать товарам с наличием не складе и не индексировать с нулевым остатком:
UPDATE `shop_items` SET `shop_items`.`indexing` = (
SELECT IF(SUM(`shop_warehouse_items`.`count`) > 0, 1, 0)
FROM `shop_warehouse_items` WHERE `shop_warehouse_items`.`shop_item_id` = `shop_items`.`id`
)
WHERE `shop_items`.`shop_id` = 123;
вместо 123 укажите ID магазина.