В xml информационной системы в теге url выводится url интернет-магазина

Это проявляется в ссылках на элементы инфосистемы и в пагинации, следовательно ссылки ведут на 404 страницу. Изначально все было нормально, что могло случиться и куда лезть исправлять? В xsl-шаблонах и в коде типовой динамической страницы 'shop' вообще не встречается.

Ваш вопрос является частным и маловероятно, что его можно разрешить на форуме. Если shop нет в XSL, значит он есть в XML, нужно смотреть на месте.
Если для вашей лицензии доступна поддержка, прошу обратиться: http://www.hostcms.ru/support/