artemby, где именно осуществляете подключение скриптов? В макете для главной страницы? В корне сайта есть директории js и css, содержащие скрипты? Если да, то корректнее осуществлять подключение след. образом:
<script type="text/javascript" src="/js/prototype.js"></script>
<script type="text/javascript" src="/js/scriptaculous.js?load=effects"></script>
<script type="text/javascript" src="/js/lightbox.js"></script>
<link rel="stylesheet" href="/css/lightbox.css" type="text/css" media="screen" />
<a href="/images/image-1.jpg" rel="lightbox" title="my caption"><img src="/images/image.jpg"></a>