Что бы подсчитать все товара определенного магазина и его групп в 5й версии делал так:
<?php
$shop = new shop();
$shop_id = 43;
$group_id = '1105,1104,1103,1102,1101,1100,1099,1098,1097,1096,1095,1094,1093,1092,1091,1090,1089,1088,1087,1086';
$count = $shop->GetCountItemsWithConditions($shop_id, $group_id);
// Распечатаем результат
echo $count;
?>
Как сейчас в6й версии ума не дам(((