fawus писал(а):
Если в дальнейшем какая-то позиция в 1С остаётся с количеством ноль, то на сайте обновления на ноль не происходит
Возможно нулевые остатки не выгружаются из 1С - т.е. выгружаются только те товары у которых остаток больше нуля.
Промониторьте в отладчике выгрузку из 1С на примере 1 позиции с нулевым остатком