Dmitrij,
удаление элементов перед импортом добавить несложно, достаточно в строке
$shop->ImportCML($kernel->Xml2Array(file_get_contents($sTemporaryDirectory.$sFileName)), $iShopId, 1, 0, $sTemporaryDirectoryWithoutCmsFolder, FALSE);
сменить 1 на 0. С индексацией будет сложнее...